פסוקים 1-13 בדברים יט עוסקים גם הם בערי המקלט, אך הם מציגים גישה שונה לסוגיה זו.
בעוד שבחוק שבבמדבר לה גאולת הדם נתפסת כמעשה לגיטימי שאין עליו עונש, על פי דברים יט מעשה הרג על ידי גואל הדם הוא מעשה של שפיכת "דם נקי". המחוקק מכיר בעוצמת רגש הנקמה: "פֶּן יִרְדֹּף גֹּאֵל הַדָּם אַחֲרֵי הָרֹצֵחַ כִּי יֵחַם לְבָבוֹ" (דברים יט, 6) אך המחוקק אינו רואה בהמתה בידי גואל הדם מעשה רצוי, אלא אם כן מדובר ברצח במזיד.
גם עיר המקלט עצמה נתפסת באופן שונה. ערי המקלט של ספר במדבר הן חלק מערי הלוויים, ואילו ערי המקלט של ספר דברים הן ערים רגילות, שנבחרות כך שבכל אזור תהיה עיר שיהיה אפשר להגיע אליה במהירות בשעת הצורך. אין לערים אלה היבט פולחני כלשהו, ואי אפשר לראות בהן הרחבה של מקום הפולחן. גם השהות בעיר המקלט נועדה כנראה להגן על הרוצח בשגגה עד שלבבו של גואל הדם "יתקרר", ואין לה תפקיד של ענישה או כפרה. לפיכך בדברים יט הרוצח בשגגה אינו צריך להמתין עד שהכוהן הגדול ימות כדי שיוכל להשתחרר.
כיצד אפשר להסביר את ההבדלים בין החוקים בשני הספרים?
יש חוקרים הטוענים כי הצבת החוק בבמדבר לה מול החוק בדברים יט מלמדת על התפתחות היסטורית. תחילה הגנו מפני נקמת הדם רק מקומות הפולחן. בהמשך הורחב תחום השיפוט של מקומות הפולחן, וגם הערים שהיו בהן מרכזים פולחניים הגנו מפני גאולת הדם. ולבסוף, בימי הרפורמה של יאשיהו, כאשר מקום הפולחן המותר היחיד היה בירושלים, הפכו ערי המקלט למרכזים אזרחיים, ללא סממנים פולחניים במרכזים אלה. מי שדנו את הרוצח וחקרו את המקרה היו זקני העיר, וכל התהליך נשא אופי אזרחי.
