מסיפורים על מלחמות הכיבוש עולה שהחרם נהג במקרים מיוחדים כמו יריחו "והיתה חרם היא וכל אשר בה לה'" (יהו' ו, יז). יריחו היתה העיר הראשונה שבני ישראל כבשו בארץ כנען ומן הראוי היה להקדישה-להחרימה לה'. המיוחד שבה שגם שללה היה חרם (קודש) לה', ולא כשאר הערים ששללם היה לישראל. החרם של חרמה היה חרם של נדר: "וידר ישראל נדר לה' ויאמר אם נתן תתן את העם הזה בידי והחרמתי את עריהם" וגו' (במ' כא, א-ג).
במקרים אחרים נהג החרם כשאויב גילה התנגדות עזה, כפי שמגלה הכתוב ביהו' יא, כ: "כי מאת ה' היתה לחזק את לבם לקראת המלחמה את ישראל למען החרימם לבלתי היות להם תחנה כי למען השמידם כאשר צוה ה' את משה". מכאן שאם היו נכנעים לישראל היו זוכים לחנינה ולא היו נשמדים.
הרעיון של חרם כללי על שבעת עממי כנען הוא חידוש של ספר דברים. חרם הכנעני מפורש בדיני המלחמה בספר דברים: "כי יביאך ה' אלהיך אל הארץ אשר אתה בא שמה לרשתה ונשל גוים רבים מפניך... שבעה גוים רבים ועצומים ממך ונתנם ה' אלהיך בפניך והכיתם החרם תחרים אתם לא תכרת להם ברית ולא תחנם" (ז, א-ב). וכן "רק מערי העמים האלה אשר ה' אלהיך נתן לך נחלה לא תחיה כל נשמה. כי החרם תחרימם... כאשר צוך ה' אלהיך" (כ, טז-יז). על כן נאמר שמשה החרים את סיחון מלך האמורי ואת עוג מלך הבשן ואת עמיהם (דב' ב, לד; ג, ו), וכן הכתובים מייחסים ליהושע את החרמת כל הכנענים, חוץ מהגבעונים ומשפחת רחב: "ויכה יהושע את כל הארץ... לא השאיר שריד ואת כל הנשמה החרים כאשר צוה ה' אלהי ישראל" (י, מ; השווה יא, כ). כמעט בכל הסיפורים על כיבוש ערי הממלכה נאמר שיהושע החרימם (ראה נספח ח).
מטרתו של חרם הכנעני היתה דתית, כדי שבני ישראל לא ילמדו מהגויים הנשארים ללכת בדרכיהם "לעשות ככל תועבתם" (דב' כ, יח), ולעבוד את אלוהיהם (השווה יהו' כג, ז). לפיכך החרם חל רק על האנשים, ולא על רכושם (שלא כחרם יריחו; וראה נספח ח).
חרם הכנעני נעדר לחלוטין בספר הנחלות. ספר הנחלות מודה בכיבוש חלקי של הארץ, והשארת רבים מיושביה על אדמתם. הדבר קיים לא רק בהערות על חסרונות הכיבוש (יג, יג; טו, סג; טז, י; יז, יב, טז, יח) אלא גם בהקדמה לספר הנחלות: "והארץ נשארה הרבה מאד לרשתה" (יג, א, ו). השקפה דומה שולטת בנאום הפרידה של יהושע (כג, ד-ה, ז, יב-יג). ספר הנחלות מודה בחוסר הצלחתם של בני ישראל לכבוש את כל הארץ ומתעלם מחרם הכנעני. הכתובים המדברים בחוסר הצלחתם של בני ישראל לכבוש את הכנענים, כולל הבטחתו של יהושע בנאום הפרידה שלו, שבעתיד יצליחו להוריש את הכנענים (כג, ד-ה), אינם מזכירים לשון חרם, רק לשון הורשה. שאכן יש כאן הימנעות מכוונת משימוש בלשון חרם אפשר ללמוד מההשוואה לדברי המחבר המשנה-תורתי של מל"א ט, כ-כא: "כל העם הנותר... אשר לא יכלו בני ישראל להחרימם ויעלם שלמה למס עבד עד היום הזה".
חרם הכנעני הוא חלק מהאידיאולוגיה של ספר דברים והאסכולה המשנה-תורתית, בדרך כלל תוך התעלמות מהמציאות ההיסטורית של ישיבת כנענים בתוך בני ישראל והכללתם במסגרות הישראליות עד טמיעתם הסופית בקרב ישראל.
גם בספר מלחמות הכיבוש לא יכול היה המחבר להעלים את סיפור הגבעונים שנותרו לשבת בקרב ישראל (ט), ולא ממשפחת רחב שגם היא נשארה לשבת בקרב ישראל (ו, כה). על מציאות היסטורית מנוגדת, כלומר קיומה של אוכלוסייה כנענית בקרב ישראל מעידות ההערות המרובות בספר הנחלות המונות את המקומות שבהם נותרו הכנענים לשבת בנחלות השבטים (טו, סג; שופ' א, כא; טז, י; שופ' א, כט; יז, יאב-יב; שופ' א, כז-כח; שופ' א, ל, לג, לה); ויש שבני ישראל ישבו בקרב הכנעני (שופ' א, לא-לב).
מהימנותן של הערות אלו עולה מהמסופר על ירושלים שנכבשה רק בידי דויד, אבל גם אז הוסיפו לשבת בה שרידי היבוסי כאמור: "וישב היבוסי את בני יהודה בירושלם עד היום הזה" (יהו' טו, סג), או: "וישב היבוסי את בני בנימן בירושלם עד היום הזה" (שופ' א, כא). פרשת גורן ארונה היבוסי מורה על מהימנות הידיעה (שמ"ב, כד, יח-כה). כמותה גם הידיעה על גזר שלא נכבשה על ידי בני ישראל והגיעה לידי שלמה רק לאחר שכבשה פרעה ונתנה נדוניה לבתו שנישאה לשלמה (מל"א ט, טז). על הכללתם של יסודות כנעניים בתוך המסגרת הישראלית וטמיעתם בתוכה מעידות רשימות היחס שבמקרא. כך למשל הפכה שכם הכנענית למשפחה במנשה (במ' כו, לא), וכמותה גם תרצה מבנות צלפחד שהיתה עיר-ממלכה כנענית (במ' כו, לד; השווה יהו' יב, כד) וכנראה גם חגלה ונועה שנודעו מחרסי שומרון כאזורים במנשה.
חרם הכנעני כנוהג כללי מחייב לא נהג למעשה. מאחר שההתנחלות בארץ לא היתה מלחמת כיבוש של כלל ישראל בהנהגה אחידה, ממילא לא נהגו בה כללים אחידים. אפשר שהיו מקרים של חרם (ראה נספח ח), אבל ככלל לא היתה יכולה להיות מדיניות של השמדה. האידיאולוגיה של החרם לא נתקיימה במציאות, וכנראה נוצרה שעה שהאוכלוסייה הכנענית כבר נטמעה בישראל. להתפתחות האידיאולוגיה של חרם הכנעני יכולות היו לתרום הסיבות הבאות: מצד אחד הסבר להיעלם של הכנענים, ומצד שני יחס של בוז ודחייה אל השכנים הכנענים שמחוץ לתחום ישראל ותועבותיהם.
