ב-1 בספטמבר 1939 התקיפה גרמניה את פולין, ובכך החלה מלחמת העולם השניה. צבאה של פולין התמוטט עוד בשבוע הראשון של המלחמה. הממשלה הפולנית ומפקדי הצבא הבכירים נמלטו אל מעבר לגבולות המדינה, בצבא המובס והמופקר השתררה אנדרלמוסיה, מערכת הפיקוד והקשר המרכזית הפסיקה פעולתה. מפקדים זוטרים וחיילים מן השורה עוד המשיכו במלחמתם חסרת התוחלת, אך לשווא ביקשו היחידות המבותרות לייצב את החזית. אלפי קצינים פולנים נורו על-ידי הפולשים, והמוני חיילים הלכו בשבי.

ב-27 בספטמבר, אחרי שבועיים של התגוננות-גבורה, נכנעה וארשה הבירה וב-2 באוקטובר השתלט הצבא הגרמני גם על חצי-האי האל (בים הבלטי), נקודת ההתגוננות האחרונה על אדמת פולין. עוד לפני תום המערכה, ב-17 בספטמבר, חצו צבאות ברית-המועצות את הגבול הסובייטי-פולני הישן ותפשו את שטחי אוקראינה וביילורוסיה המערביים - שטחים שהיוו עד פרוץ המלחמה את הספר המזרחי של פולין.

מדינת פולין הפסיקה להתקיים. הגרמנים ביתרו את פולין וקרעו ממנה גזרים. גלילותיה המערביים של פולין לשעבר (ובתוכם הערים הגדולות פוזנאן ולודז') סופחו אל ה"רייך" כמחוז מיוחד, המכונה "אזור הנהר ווארטה" (ווארטא-גאו). ביאליסטוק - עיר הטקסטיל הגדולה ואזורה, נותקו מגופה הפוליטי של פולין. גם אזורי התעשייה העשירים בדרום-מערב פולין, ובתוכם הערים הגדולות קטוביץ, בנדין, סוסנוביץ, נכללו בתחומי ה"רייך". מיתרת אדמת פולין לשעבר - כלומר מגלילותיה המרכזיים - הוקמה יחידה מנהלית מיוחדת בשלטון גרמני, ושמה "הגוברניה-הגנרלית" (General gouvernement) ומרכזה בקראקוב, בירתה העתיקה של פולין. הארמון ההיסטורי של מלכיה היה למקום מושבו של המושל האנס פראנק, נציב "הפירר" על אדמת פולין הכבושה. שם היה המרכז לתכנונה ולביצועה של מדיניות הדיכוי והניצול לגבי האוכלוסייה הפולנית. משם יצאו פקודות האפליה, הנישול וההשמדה לגבי יהודי פולין. הגרמנים הנהיגו משטר טרור וניצול אכזרי. על אדמת פולין הוקמו מחנות-ריכוז ומחנות-עבודה לרוב. הכובש נטל לעצמו את מרבית התוצרת החקלאית והשתלט על כל התעשייה הפולנית. את הפולנים ראו כבני "גזע נחות", שכל תפקידם לשרת את אדוניהם הגרמנים. מוסדות התרבות ובתי-הספר של הפולנים נסגרו. לא הותרה הוראה אלא בכיתות הנמוכות של בית-הספר היסודי. אוצרות תרבותה של פולין, המוזיאונים הלאומיים והגלריות לאמנות, נשדדו. אלפים מאנשי הרוח והאינטליגנציה הפולנית נרצחו. רבים מאנשי הכמורה נורו או הוגלו.

כוונת הכובשים הייתה "לכרות את ראשי" האומה הפולנית, לבל יישארו לה מנהיגים, העשויים לעורר את מאבק העם הפולני עם הכובש. פולין נועדה להיות מרחב להתיישבות גרמנית. לשם כך התכוונו לדלל את האוכלוסין הפולניים ולפנות שטחים להתיישבות זאת. ממחוז זאמושץ בלבד גירשו הגרמנים 110,000 תושבים, בעיקר משפחות איכרים, ביניהם 30,000 ילדים. המוני נשים נכלאו במחנות ריכוז, גברים לרבבות נרצחו, וילדים רבים נגזלו מהוריהם ונשלחו לגרמניה להתחנך שם כגרמנים. העיר זאמושץ נועדה להיהפך ל"הימלרשטאט", כלומר - ל"עירו של הימלר".

הפרדה מלאה הונהגה בפולין בין "עם האדונים" הגרמני ובין "עם העבדים" הפולני. נאסר על הגרמנים לקיים כל קשר חברתי עם הפולנים. על מסעדות ועל בתי-קפה נתלו שלטים נושאי-כתובות: "לגרמנים בלבד", כמו כן היו חנויות, בתי-קולנוע ומקומות בידור מיוחדים לגרמנים.

משהונהגו כרטיסי המזון - נקבעו מנות מיוחדות לגרמנים ומנות מזון קטנות בהרבה לאוכלוסייה הפולנית. משפחות פולניות רבות, בעיקר מחוגי האינטליגנציה, סבלו מחסור כלכלי חמור. כדי להמציא לחם לבני המשפחה היו מוציאים למכירה מיטלטלין, בגדים ועדיים. טוב מזה היה מצבם של סוחרים זעירים ובעלי מלאכה. המוני פולנים עסקו במסחר "שחור" וספסרו במצרכים החיוניים המועטים. הם היו משוטטים ברחבי המדינה ועוסקים בהברחה. וכשקמה בפולין תנועת ההתנגדות - פשט בה המסחר המחתרתי בנשק.

משפתחו הגרמנים במלחמתם בברית-המועצות (22 ביוני 1941) ומשגייס ה"רייך" השלישי לחזית את מרבית הגברים הצעירים, הורגש בגרמניה מחסור רב בכוח-עבודה בענפי החקלאות והתעשייה. הגרמנים ניסו למלא מחסור זה על-ידי גיוס מיליוני פועלים, בני עמים אחרים. במדינות אירופה המערבית ניהלו הגרמנים תעמולה רבתי והיו קוראים "להתנדב" לשירות העבודה בגרמניה, ואילו במרחב הסלאבי, בעיקר בפולין ובשטחי ברית-המועצות הכבושים, גויסו הצעירים לעבודה בכפיה. צעירים וצעירות היו מקבלים צו להתייצב במקום איסוף מסוים כדי לנסוע אל ה"רייך" לעבודה. מי שלא התייצב בעצמו - היו נוטלים אותו בכוח. מפעם לפעם היו פושטים כוחות הז'נדרמריה, בסיוען של יחידות משטרה מקומיות, בכפרים פולניים, ביילורוסיים ואוקראיניים, ועורכים מצוד על בני הנוער. רבבות הניצודים הוטענו ברכבות והוסעו לחיי-עבדות בשטחי ה"רייך".

לפי פקודתו של הימלר הוכנה בסתיו 1941 "תכנית-כללית" ((General Plan לארגון שטחי המזרח הכבושים.

את עורך התכנית הדריך הרעיון "להעביר מזרחה" מיליוני פולנים, כדי לצמצם עד המינימום את הסכנות הפוליטיות, האורבות לשליטה הגרמנית במרחב המזרח האירופי. אחר ביצוע התכנית עתידים היו להישאר על אדמת פולין מ-3 עד 5 מיליוני פולנים בלבד, כלומר כ-15%-20% ממספרם הקודם.

עוד באביב 1940 הוסעו המוני פועלים פולניים לגרמניה, ורבים מהם נשלחו לכפרים. היחס לפועלים הפולנים והסובייטים היה גרוע בהרבה מאשר לפועלי מערב-אירופה. הם גם נצטוו לשים על בגדיהם סימון מיוחד.

מרטין בורמן, מזכיר המפלגה הנאצית, אף פרסם הוראות מיוחדות לאיכרים (ב-15 במרץ 1940), לפיהם אסור על המעבידים לשכן את הפועלים הפולנים יחד עם גרמנים ואסור להאכילם ליד אותו שולחן. בכלל יש להקפיד על שמירת מרחק נאות מן הפולנים ולראותם כאנשים נחותים.

בפולין קמה תנועת התנגדות לאומית. מנהיגים פולניים, שנמלטו מארצם, כוננו בלונדון ממשלה גולה. ממשלה זו הקימה בפולין הכבושה מנהל-צללים במחתרת, אשר עמד בראש תנועת המרי הפולנית. על אדמת ה"גנרל-גוברנמן" הוקם צבא-מחתרת בשם "הצבא הארצי" (Armia Krajowa) או כפי שכונה בראשי תיבות, אק"א ("A.K.").

האק"א ארגנה פלוגות טרור וחבלה, ביצעה התנגשויות בקצינים, בחיילים ובפקידים גרמניים, ופעולות חבלה במוסדות ובמפעלים גרמניים. הגרמנים הגיבו על פעולות המחתרת בטרור מוגבר: היו לוקחים מאות בני-ערובה ומוציאים אותם להורג.

משחל המפנה במלחמה בברית-המועצות, והצבא הגרמני נחל את מפלותיו הראשונות - יצאו פלוגות פרטיזאניות של האק"א אל היערות ואל הכפרים שבקרבתם.

באק"א שותפו מפלגות רבות, וביניהן גם הימין הקיצוני האנטישמי. הוא הקים פלוגות-לחימה בשם "כוחות לאומיים מזוינים" (בר"ת - נ.ס.ז.). יותר משלחמו בגרמנים, הרבו הללו לרצוח יהודים. כנופיות כאלה, קשורות לאק"א, נלחמו ביערות בעיקר בפרטיזנים הסובייטים. תכופות היה קיים ביניהם לבין השלטונות הגרמניים מעין "הסכם ג'נטלמני" - שלא לפגוע זה בזה. רבים היו הפרטיזנים היהודים בפולין, שנפלו בידי רוצחים אלה.

לאק"א היו מחסני נשק עשירים למדי, תחנת-שידור סודית בשם "שויט" (כלומר - "השחר") וקשר מחתרתי תמידי אל הממשלה הגולה בלונדון. סיסמתה הפוליטית הייתה, לצבור כוח ולארגן את העם לקראת שחרור המולדת בשלב מאוחר יותר, כשיותשו כוחות שני היריבים הגדולים, הגרמנים והרוסים, במאבק הממושך. בשורות ה אק"א נלחמו גם יהודים לא רבים שהסתירו את יהדותם, מחשש אנטישמיות חבריהם לנשק.

בראשית מלחמת העולם השניה - לא הייתה קיימת בפולין מפלגה קומוניסטית פולנית. היא פורקה עוד שנה לפני פרוץ המלחמה. עם כיבושה של פולין, נמלטו פעיליה בחלקם לברית-המועצות; אחרים נכלאו על ידי הגרמנים במחנות הריכוז או נורו.

בראשית 1942 חידשה המפלגה את מסגרתה והקימה תנועת מחתרת שמאלית. כך קמה באביב 1942 ה"גווארדיה ליודובה" ("המשמר העממי"), שהתפתחה ברבות הימים לארגון צבאי בשם "ארמייה ליודובה" או "צבא העם", בר"ת: אא"ל (A.L). אך כוחותיו ונשקו של ארגון זה היו דלים בהרבה משל ה-אק"א והפלוגה הפרטיזנית הראשונה שלה יצאה אל היערות רק במאי 1943.

בשטחיה המזרחיים של פולין, בעיקר בביילורוסיה המערבית ובוולין, שיתפו פלוגות ה-אא"ל פעולה עם הפרטיזנים הסובייטים.

ב-1943 הגיעו חטיבות גדולות של פרטיזנים סובייטים גם אל יערות פולין. באזור לובלין התארגנו פלוגות מעורבות של פולנים ולוחמים סובייטים; היו גם פלוגות פולניות טהורות (או פולניות-יהודיות) של אא"ל שנלחמו תוך תיאום עם הפיקוד הסובייטי.

האא"ל קלטה פרטיזנים יהודים ושיתפה פעולה עם הארגון היהודי הלוחם בווארשה.

בכפרים וביערות פולין פעל גם ארגון פרטיזאני שלישי, קטן יותר. אלה היו גדודי-פרטיזנים, שנקראו "בטליונים של איכרים" ("בטליוני כלופסקיא"). מבחינה מפלגתית-אידיאולוגית היו קרובים למפלגת האיכרים הפולנית - שהייתה מפלגה עממית-דמוקרטית (לא סוציאליסטית).

לגדודים אלה, במאבקם עם הפולש, לא הייתה דרך פוליטית משלהם. יחידים מהם ואף פלוגות שלמות הצטרפו לאק"א או לאא"ל. גם ב"בטליוני כלופסקיא" היו פרטיזנים יהודים מעטים.

עם ראשית כישלונותיהם בחזיתות הגבירו הגרמנים את משטר הדיכוי, ובתגובה על כך הגבירה גם תנועת ההתנגדות את פעולותיה. על פעולות הנקם והחבלה מצד הפרטיזנים הפולנים הגיבו הגרמנים בהוצאות להורג המוניות.

ברחובות וארשה נראו תכופות אנשים מובלים בקבוצות, כשידיהם קשורות להם לאחור. היו מעמידים אותם אל קירות בתים, אל כותלי כנסיות ובמקומות ציבוריים שונים, ויורים בהם. לאחר מכן היו מוצאים במקומות אלה נרות דולקים, ופרחים רעננים שפיזרה יד אלמונית.