הוקמה בתחילת שנות השבעים על ידי שייח' מוחמד נימר דרוויש, מכפר קאסם. היא הוקמה כתנועה דתית וכחלק מגל החזרה לדת במדינות ערב השכנות, שלא פסח על האוכלוסייה הערבית בישראל: התנועה קראה לחזרה לדת ולערכים איסלמיים, ואף סיפקה לאוכלוסייה שירותי דת וחינוך דתי. כמו כן סייעה התנועה בתחום הרווחה לקבוצות חלשות ונזקקות בקרב האוכלוסייה הערבית, ולבסוף ייצגה קו פוליטי לאומני המתנגד לקיומה של ישראל כמדינה יהודית ובחלקו אף תומך בטרור הפלסטיני.
בסוף שנות השבעים עלו כוחות הביטחון על ארגון מחתרתי שרבים מחבריו השתייכו לתנועה האיסלמית, והם נעצרו.
בסוף שנות השמונים החלה התנועה להתמודד על ההנהגה במישור המוניציפלי הערבי, וכאן היא זכתה להישגים רבים, שדירבנו את ראשי התנועה לפנות לפוליטיקה הארצית. ההחלטה להתמודד בבחירות לכנסת בשנת 1996 גרמה לקרע ולפילוג בתנועה, שנמשך עד היום.
כיום ישנן שתי תנועות איסלמיות. ההבדלים בין הפלגים הם בראש ובראשונה ביחס למדינת ישראל:
א. הפלג הדרומי של התנועה האיסלמית, בראשות חה"כ אברהים צרצור (ממשיכו של שייח' דרוויש). התמודדותו לכנסת נעשתה תחילה בשותפות עם מד"ע (מפלגה דמוקרטית ערבית), והחל משנת 2000 באופן עצמאי תחת השם רע"ם. תנועה זו, שחברה למפלגה פוליטית קיימת, מאופיינת על ידי רבים כפרגמטית: היא אינה מכירה בזכות הקיום של מדינת ישראל כמדינה יהודית, אך מוכנה להשתתף במוסדות השלטון ולהשפיע מבפנים על ההחלטות בה (יש הרואים בכך משום מתן לגיטימציה לקיומה של מדינת ישראל כמדינה יהודית).
ב. הפלג הצפוני של התנועה האיסלמית הוא בראשות שייח' ראיד צלאח (מרכזה באום אל פחם). זהו פלג קיצוני יותר, וראשי התנועה נחשדו בסיוע לחמאס ולטרור, אך שוחררו ממעצר בעיסקת טיעון על בסיס כלכלי. הפלג הצפוני אינו מכיר בזכות הקיום של מדינת ישראל (יש להחליפה במדינה מוסלמית), אך נכון להיעזר בה לצרכים מיידים.
