האזור בו שוכנת מגידו אינו עשיר במים. כבר בתקופות קדומות היה צורך קיומי למצוא פתרון לבעיית המים, בעיקר בשעת מצור. במגידו נעשה מאמץ הנדסי מרשים כדי לפתור את בעיית המים. כפי הנראה בימיו של המלך אחאב נבנתה בעיר מערכת מים שהובילה אל המעיין באמצעות מנהרה תת קרקעית. אל המנהרה ירדה מערכת מדרגות מתוך העיר.  מפעל המים המרשים הוא עדות לחשיבותה של מגידו כמרכז צבאי ומנהלי מהגדולים ביותר בעת העתיקה בארץ ישראל.