המזבחות עמדו על המדרגה הגבוהה ביותר בגרם המדרגות שהוביל אל הבמה. שני המזבחות שמשו להקטרת קטורת וזאת על פי השקערוריות בראש המזבחות. אלה מעין קעריות שנחצבו באבן ובהן נתגלו שרידים של חומר אורגני שרוף, כנראה של צמחים ששמשו לקטורת בטקסים פולחניים שנתקיימו במקדש. במקרא מוזכרת הקטרת קטורת על המזבח (ויקרא ד, לה) אם כי לא מדובר במזבח שנועד לקטורת בלבד. עד עתה נתגלו מזבחות קטורת מסוג זה בבתים פרטיים, בעיר דוד ובתל מקנה, שם שמשו ככני קטורת. המיוחד במזבחות שנתגלו בערד הוא שאין להם קרנות. על פי סימני הטיח שנמצאו על אחת הדפנות שלהם ניתן להסיק שמזבחות אלה נשענו אל הקיר. מלבד מזבחות הקטורת הללו נתגלה במקום מזבח עולות גדול.
הממצא מערד מפתיע: בערד התקיים מקדש לצד המקדש בירושלים! על פי הממצאים במקדש ברור שהפולחן איננו לאלוהויות זרות אלא לאלהי ישראל. עובדה זו סותרת את ריכוז הפולחן. בספר מלכים א' ג 2 נאמר ש"העם עדיין זובחים בבמות", שם מדובר בתקופה בה המקדש עדיין לא נבנה. במקומות אחרים בספר מלכים נאמר ש"הבמות לא סרו". יתכן שהמרכז פולחני בערד קם לפני בניית המקדש והתקיים עד לרפורמה של יאשיהו, שפעל לריכוז הפולחן במקדש בירושלים, ופגע בבמות האחרות.