בעבר ראו בחומר אורגני חומר מסובך, המורכב ממולקולות ארוכות (כגון: חלבונים, פחמימות, שומנים) ומצוי בגוף החי או בצומח.

לפי קביעה זו: שאריות מזון, לוחות עץ, בדי כותנה, צמר וכד' הם חומרים אורגניים.

לאחר שהתברר כי ניתן לייצר חלק מן החומרים במעבדה, ממקורות שאינם מן החי, החלו לראות בחומר אורגני תרכובות שבהן יש קשר בין אטומי פחמן (C-C) או קשר בין אטום פחמן ואטום מימן (H-C).