לאחר שפעל שקאקי בארגון הטרור של "הג'יהאד האיסלאמי הפלסטיני" (גא"פ), נכלא בשנת 1986 וגורש בזמן האינתיפאדה הראשונה. לאחר גירושו ללבנון החל ללקט את פעילי הארגון, והפך להיות מנהיגם הבלעדי.
בשנות התשעים היה הארגון בראשו עמד שקאקי אחראי לפיגוע הכפול בבית ליד, בו נהרגו 21 חיילים ואזרח. כמו כן היה הארגון אחראי לפיצוץ ברחוב דיזנגוף בתל אביב, בו נהרגו 13 אזרחים ישראלים.
לאחר שהסתתר עד אמצע שנות התשעים, הגיע שקאקי למלטה לביקור אצל רופא השיניים אותו נהג לפקוד בעקביות. ב-15 באוקטובר 1995, לאחר שנרשם במלון "דיפלומט" בעיר, יצא להסתובב בעיר. העקביות בה פקד את הרופא היא שהובילה, בסופו של דבר, חוליה של מחסלים רכובים על אופנועים אשר ירו בשקאקי מטווח אפס. שקאקי נהרג במקום. גורמים רבים טוענים כי החוליה הייתה מורכבת מאנשי "מוסד". ישראל מעולם לא לקחה אחריות לחיסול.
שקאקי התבטא ופעל על פי תפיסת עולמו בזכות המאבק המזוין הבלתי מתפשר לשחרור "כל פלסטין" ולהקמת מדינה אסלאמית. את מקומו של שקאקי בראש הארגון תפס רמדאן שלח, אשר הקים את הארגון יחד עם שקאקי בשנות השמונים. חיסולו של שקאקי הביא לשיתוקו של הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני לתקופה מסוימת למרות שלא הביא לחיסולו של הארגון לנצח. מאידך, רבים טוענים כי חיסולו של שקאקי מנע את התעצמותו של הגי'האד האסלאמי וכי הארגון מעולם לא חזר לעוצמתו הנושנה. במקרה הזה הויכוח סביב מדיניות החיסולים מקבל פן חיובי היות והחיסול ככל הנראה מנע פיגועים רבים מלצאת אל הפועל והחליש את הארגון משמעותית לתקופה ארוכה.
פריט מידע זה נכתב עבור אתר חוסן.
