באזור עין גדי אפשר לראות שרידים המעידים על למעלה מ-1,300 שנים של התיישבות יהודית באזור. בשנות השבעים נחשף במקום בית כנסת מהמאה הרביעית ובו רצפת פסיפס שהשתמרה להפליא. רצפה זו היא העתיקה ביותר שנמצאה בארץ ומשולבות בה כתובות בעברית ובארמית. אחת הכתובות היא כתובת ברכה ובה רשימה של כל בני העיירה, כולל יונתן החזן, ששילמו את חלקם לתיקון בית הכנסת. בכתובת אחרת נכתב "יקולל מי שיגלה את סוד העיירה", כלומר יקולל מי שיגלה את סוד גידול האפרסמון שעין גדי התפרסמה בו.