בספר יהושע שתי תפיסות עיקריות לגבי כיבוש הארץ בידי יהושע. לפי סיפורי הכיבוש (פרקים א-יב) יהושע כבש את כל הארץ. להשקפה זו שותף גם העורך המשנה-תורתי ביהו' כא, מא: "ויתן ה' לישראל את כל הארץ אשר נשבע לתת לאבותם ירשוה וישבו בה". ההצהרות על הכיבוש המלא של הארץ באו פעם ראשונה בסיכום מלחמות הדרום, שם אומר הכתוב: "ויכה יהושע את כל הארץ... ויכם יהושע מקדש ברנע ועד עזה ואת כל ארץ גשן ועד גבעון" (י, מ-מא). עזה, ועמה שאר ערי הפלשתים, לא היו בכלל הארץ שכבש יהושע (וגם אחר כך לא נכללו בתחומי ישראל). ואכן כשהכתוב בא לספר על הכחדת הענקים מן הארץ הוא אומר: "לא נותר ענקים בארץ בני ישראל רק בעזה בגת ובאשדוד נשארו" (יא, כב). ובסיכום כל מלחמות יהושע, אחרי תיאור הניצחון על ברית מלכי הצפון נאמר: "ויקח יהושע את כל הארץ הזאת ההר ואת כל הנגב ואת כל ארץ הגשן ואת השפלה ואת הערבה ואת הר ישראל ושפלתה מן ההר החלק העולה שעיר ועד בעל גד בבקעת הלבנון תחת הר חרמון" (יא, טז-יז8).
בשום מקום לא נזכר בספר מלחמות הכיבוש שנותרו כנענים בארץ. אדרבא, הכתוב חוזר ומדגיש שיהושע מילא את מצוות ה' להחרים את כל תושבי הארץ: "ואת כל הנשמה החרים כאשר צוה ה' אלהי ישראל" (י, מ), "רק את כל האדם הכו לפי חרב עד השמדם אותם לא השאירו כל נשמה כאשר צוה ה' את משה עבדו כן צוה משה את יהושע וכן עשה יהושע לא הסיר דבר מכל אשר צוה ה' את משה" (יא, ידב-טו). גבעון יוצאת דופן בייחודה, היא העיר היחידה שתושביה לא הושמדו (יא, יט), וכמותה משפחת רחב (יהו' ח, כה).
בספר הנחלות (פרקים יג-כא), יש התרוצצות בין שתי תפיסות. בין ההשקפה שהארץ כולה נכבשה לפני בני ישראל לבין ההכרה במציאות של 'הארץ הנשארת' שלא נכבשה. מצד אחד הכתוב אומר: "והארץ נשארה הרבה מאד לרשתה זאת הארץ הנשארת" וגו' (יג, א-ב); ולהלן הוא מונה את התחומים שלא נכבשו. הארץ הנשארת היא בשוליה של ארץ-ישראל: פלשת ופיניקיה לחוף הים בדרום ובצפון, וארץ החוי בלבנון (יג, בב-ו; השווה שופ' ג, ג), שנותרו מחוץ לארץ בני ישראל.
גם המחבר המשנה-תורתי של נאום הפרידה של יהושע (פרק כג) סבור שלא כל הארץ נכבשה לפני בני ישראל: "ראו הפלתי לכם את הגוים הנשארים האלה בנחלה לשבטיכם" (כג, ד), "כי אם שוב תשובו ודבקתם ביתר הגוים האלה הנשארים" וגו' (פס' יב). וזה לפי אחת ההשקפות המשנה-תורתיות, שה' השאיר את הגוים האלה "לנסות בם את ישראל לדעת הישמעו את מצות ה' אשר צוה את אבותם ביד משה" (שופ' ג, ד).
לעומת זאת המחבר הכוהני של פרשת ההנחלה בגורל בשילה כנראה לא הכיר במושג 'ארץ נשארת', וחלק עם בעל ספר הכיבושים בתפיסה שכל הארץ נכבשה לפני בני ישראל: "ויקהלו כל עדת בני ישראל שלה... והארץ נכבשה לפניהם" (יח, א).
אבל גם לפי השקפתו של ספר הנחלות 'הארץ הנשארת' היא ארצם של ישראל, ויהושע חילקה בנחלה לשבטי ישראל, לקראת בוא היום שבו ה' יוריש את הגויים שנותרו בארץ הנשארת: "אנכי אורישם מפני בני ישראל רק הפלה לישראל בנחלה כאשר צויתיך" (יג, ו).
תיאורי המובלעות הכנעניות שנותרו בנחלות השבטים, אלה שלא עלה בידי ישראל לכבשן: הגשורי (יג, יג); ירושלים (טו, סג; השווה שופ' א, כא ולעומתו פס' ח); גזר (טז, י; השווה שופ' א, כט); ועמקי הצפון (יז, טז, יח; השווה שופ' א, כז-כח) הן ממקור אחר, המתנכר בסגנונו משאר הספר. מקורן של ההערות הללו באותו מקור של ההערות על המובלעות הכנעניות וכשלונות השבטים בשופ' א.
