פרחי פתילת המדבר מתחילים להיפתח החל מחודש מרץ. הפרחים נפתחים לאורך כל שעות היממה, למשך יומיים לערך. הפרח של פתילת המדבר כולל חמישה עלי גביע ירוקים וחמישה עלי כותרת שצבעם אפור כחלחל. במרכז הפרח נמצא מבנה גליל שנוצר מאיחוי העלי המרכזי עם חמשת האבקנים המקיפים אותו.