מינים שתפוצתם מוגבלת, כאלה הניזונים ממין מזון יחיד, שגם הוא מוגבל בתפוצתו, או התלויים במשאב סביבתי מצומצם, צפויים לסכנת הכחדה באופן טבעי. אוכלוסייה קטנה או מקוטעת צפויה להכחדה גם בגלל סיבות אקראיות: שריפה, מגפה או אירוע אקלימי כגון בצורת ממושכת.

סלעונית הגליל (Pene galilaea) היא שבלול אנדמי, המצוי בשטח שגודלו רק 2.5x1.5 קילומטרים בגליל.

שבלולית פיקרד (Trochoidea picardi), שבלול אנדמי אחר, מצוי במישור החוף בשטח שגודלו רק 3.0x1.5 קילומטרים.

לבנין המרואה (Colotis chrysonome) הוא פרפר אפרו-טרופי, המטיל ביציו רק על העץ הנדיר מרואה עבת-עלים, המצוי כפרטים בודדים בעין גדי.

כחליל הקדד (Tomares) הוא פרפר יפה, הצמוד לפונדקאי שלו - קדד גדול-הפרי. בישראל נמצאת אוכלוסייתו בנסיגה מתמדת: ב-1918 הוא נמצא ברצועת עזה; בשנות החמישים ובראשית שנות השישים עדיין עופף באזור טבעון, בית שערים וליד עפולה. כיום שרד רק בהרי אפרים, שם הוקמה, להגנתו, שמורת הפרפרים הראשונה בישראל.

נחושית נחשונית (Chalcides guentheri) - חומט נדיר, יולד-חיים, אנדמי לישראל וללבנון, מצוי רק בבתה ובשדות בחבל הים-תיכוני. על המחרוזן הדוגוני (Micrelaps muelleri), נחש ארסי נדיר, שטבעות צהובות ושחורות עוטרות את גופו, ידוע מעט. הוא אנדמי לישראל ולסוריה, ותפוצתו בחבל הים-תיכוני מקוטעת. הנחש פעיל בלילה וביום הוא חבוי באדמה. לא ידוע מה מזונו. ייתכן שתפוצתו המקוטעת היא סימן לאוכלוסייה שרידית, הנמצאת בנסיגה.