מרוקו העצמאית לא גילתה אדישות לנוכח גלי העזיבה. מפלגת אלאסתקלאל הייתה הראשונה שיצאה בגינוי העלייה היהודית ופעילותם של ארגונים ציוניים במרוקו העצמאית. ביוני 1956 אסרה הממשלה על שליחי העלייה במרוקו להמשיך לפעול. מחנה העולים "קדימה" שליד מזגאן המשיך לתפקד עוד שלושה חודשים עד לפינוים של 12,000 העולים ששהו בו בדרכים עקלקלות.
ב- 27 בספטמבר 1956 פרסמה ממשלת מרוקו גזירה "האוסרת על יהודי מרוקו להגיע לפלשתין ומחייבת את אלה שעזבו לחזור למרוקו", וניתנה הוראה שלא לחדש את דרכוניהם של היהודים. אולם למרות האיסור המשיכו אלפי יהודים לעזוב את מרוקו, אף שמבחינות רבות היה מצבם האובייקטיבי של היהודים יציב וטוב יותר לאחר עצמאותה של מרוקו.
ואכן, למן הכרזת העצמאות של מרוקו עשו הרשויות מאמץ אמיתי לשלב את הקהילה היהודית בחיי המדינה: הובטח ייצוג יהודי ברוב המשרדים ממשלתיים ובפרלמנט, שבו ישבו יהודים דרך קבע, התמנו שופטים יהודים, והמינהל החדש פתח את שעריו לפני אלפי טכנאים ופקידים יהודים.
שנות העצמאות הראשונות של מרוקו אופיינו גם בהרחבת החינוך היהודי. ב- 1958 למדו 95 אחוז מילדי היהודים בבתי ספר (לעומת עשרה אחוזים בקרב המוסלמים), תשעים אחוז קיבלו שירותי רפואה קבועים, ורשת "אורט" העניקה לכל צעיר יהודי שרצה בכך הכשרה מקצועית. לא היה מוסד שהציע מערכת חינוך דומה לצעירים המוסלמים.
מצב זה היה לצנינים בעיני חלק מהשרים. בשנת 1958 החלו עיתוני אלאסתקלאל לדרוש הלאמת מוסדות החינוך היהודי או לפחות מרוקניזציה שלהם, ולשלב בהם צעירים מוסלמים. כך הולאמו באוקטובר 1960 שליש מבתי הספר של כי"ח, ושמם של שני השלישים האחרים נשתנה ל"אתִחאד" והם נוהלו בידי אזרחים מרוקאים. כי"ח נאלצה להקדיש יותר שעות להוראת הערבית. בהחלטה זו לא היה כל פסול, אולם על רקע הצטרפותה של מרוקו לליגה הערבית, ובעקבות האיסור על קשרי דואר עם ישראל חשו רבים כי מדיניות ה"שערוב" של החינוך היהודי היא אות מבשר רע. ביקורו של גמאל עבד אלנאצר בקזבלנקה בינואר 1961, וטביעתה של הספינה "אגוז" כמה ימים לאחר מכן, עם 44 יהודים על סיפונה, בהם 24 ילדים, בדרכם לארץ ישראל, תרמו עוד להגברת חששותיהם של היהודים.
אם כך ואם כך הגיע היקף הגירתם של יהודי מרוקו לממדים שלא נודעו בעבר. מ- 1961 עד 1964 עזבו קרוב ל- 80,000 יהודים, כמחצית הקהילה, את מרוקו. לאחר מלחמת ששת הימים היה גל נוסף של הגירה: בין השנים 1971-1967 הצטמצם מספר היהודים במרוקו מ- 60,000 ל- 35,000 ומספרם הלך וקטן עוד בשנים הבאות.
לחלקים נוספים של המאמר:
מרוקו ויהודיה : פני הארץ
מרוקו ויהודיה : מרוקו ויהודיה עד המאה התשע-עשרה
מרוקו ויהודיה : יהודי מרוקו במאה התשע-עשרה
מרוקו ויהודיה : מכינון משטר החסות ועד ערב מלחמת העולם השנייה (1939-1912)
מרוקו ויהודיה : ממלחמת העולם השנייה עד קבלת העצמאות (1956-1939)
מרוקו ויהודיה : במרוקו העצמאית (פריט זה)
