הר המתנשא לרום 868 מ' מדרום לעמק שכם (נצ"מ 175.178). אל פסגתו מוביל כביש נוח היוצא ממערבה של שכם. במקרא הוא מכונה הר הברכה. הר גרזים מתנשא מול הר עיבל, שמצפון לעמק שכםהר עיבל מכונה במקרא הר הקללה (דברים יא, כט). במדרונותיו הצפוניים של הר גרזים, בחלקם התחתון, משתרעות כמה משכונותיה של העיר שכם, ובחלקם העליון משתרע חורש ארנים.
על פי אמונתם של השומרונים, זהו הר המוריה המקודש, מקומן של עקדת יצחק ושל אבן השתייה. על כן הקימו בו השומרונים את מקדשם (להלן) - מרכזם הדתי והרוחני ואתר עלייה לרגל שעליו הם זובחים את קרבן הפסח. במדרש נקרא ההר טורא בריכא ("הר הברכה"), ובפי השומרונים - טורא מברכתא או טורא טבה. הערבים מכנים אותו ג'בל א-טור. השומרונים נוהגים לכתוב את שם ההר ברצף - הרגרזים.
על פי מסורת השומרונים, מלכי-צדק מלך שלם ויעקב הקריבו קרבנות בראש הר גרזים.
לפי ההיסטוריוגרפיה היהודית, בתחילת התקופה הפרסית עדיין האמינו השומרונים בקדושת מקדש ה' בירושלים, ואף הציעו לזרבבל סיוע בבנייתו (עזרא ד, ב). יוסף בן מתתיהו מציין כי בעקבות הפילוג הסופי בין השומרונים ליהודים הוקם המקדש השומרוני בהר במאה ה-4 לפנה"ס בידי סנבלט ה-2 ("קדמוניות היהודים" יא ח, ב). לדברי יוסף בן מתתיהו נבנה המקדש בתבנית המקדש בירושלים. בחפירות שערך בהר יצחק מגן ב-1990-1983 התגלו כל החלק הגבוה של הר גרזים (הדרומי) ושרידי העיר השומרונית קרית לוזה, מן התקופה ההלניסטית, מימי אנטיוכוס ה-3 (200 לפנה"ס בערך). העיר היתה מוקפת חומה ומחולקת לרבעים, והשתרעה על כ-400 דונם. המתחם המקודש של העיר נבנה על הפסגה. כאן נמצאו עצמות כבשים שרופות, שרידי הקרבנות שהעלו השומרונים, ועל אבני המתחם התגלו כתובות בעברית ובארמית. קרית לוזה נשרפה בידי יוחנן הורקנוס החשמונאי בשנת 128 לפנה"ס, ויום חורבנה וחורבן מקדשה שעל הר גרזים היה ליום טוב אצל היהודים.
בתקופה הרומית נבנה מקדש אחר על הפסגה הצפונית הנמוכה, הקרויה תל א-ראס. עם בניית העיר פלויה ניאפוליס (שכם) בידי טיטוס יוחד הפולחן במקום לאל יופיטר היפסיסטוס האל העליון. הקיסר אדרינוס שיפץ את המקדש. במטבעותיה של ניאפוליס מופיע הר גרזים - על שתי פסגותיו - כסמל העיר. במכלול המבנים של המקדש – שורת עמודים ובית תפילה למרגלות ההר. ממנו עלו אל פסגת המקדש במדרגות תלולות. מתיאור האתר בשנת 333 על פי הנוסע מבורדו, היו שם 300 מדרגות, ואילו על פי הכרוניקאים אפיפנס הקדוש ופרוקופיוס מעזה היו שם 1,500 מדרגות. נוסף על כך היתה דרך לבהמות ולעגלות. היא עלתה ממבנה העמודים אל פסגת המזבח, וממנה הסתעפה דרך משנה, אל פסגת המקדש. קטעים מן המדרגות העתיקות חשופים במדרון הצפוני של תל א-ראס ובתחתיתו, בעיר שכם עצמה.
במאה ה-4 לספירה נהרס המקדש השומרוני, וכתחליף לו הוקם בעמק שכם בית כנסת שומרוני. זנון קיסר ביזנטיון העביר את הר גרזים לרשות הנוצרים. לפי פרוקופיוס והכרוניקות השומרוניות, הוקמה באתר המקדש כנסייה, והיא הוקדשה לבתולה הקדושה מרים. מבנה הכנסייה, שהיה מתומן, בוצר בימיו של הקיסר יוסטינינוס, באמצעות בניית חומות ומגדלים סביבו. הכנסייה נהרסה במאה ה-8 בידי הח'ליף העבאסי אלמנצור.
בשנות ה-60 של המאה ה-20 חפרה באתר המקדש משלחת אמריקנית בראשות ר"ז בול, וחשפה את שרידי המקדשים בתל א-ראס על מסד שעוביו כ-10 מ'. כיום נראים באתר שרידי המקדש השומרוני, ומעליו שרידי המקדש מימי אדרינוס. בפסגת המזבח נראות חורבות הכנסייה הביזנטית המתומנת, ולידה קבר גדול, קברו של ע'אנם אבן עלי, יליד הכפר בורין, שהיה בעל משרה בכירה בחצרו של צלאח א-דין. על פי מסורות יהודיות מימי הביניים, זהו קברו של חמור אבי שכם. ערביי שכם והסביבה נוהגים לנדור כאן נדרים ולזבוח זבחים עד עצם היום הזה.
מדרום לקבר השיח' משתרעת חלקה מגודרת ומשולטת הנקראת "גבעת עולם", ובמרכזה משטח סלע גדול וחלק. לפי אמונת השומרונים, זוהי אבן השתייה. לידה משתרעת עוד חלקה מגודרת. השומרונים מאמינים שזהו מקומה של עקדת יצחק.
בכניסה לתחום הפסגה יש שכונת מגורים של השומרונים - קרית לוזה – המבקרים באתרי ההר לעתים תכופות. בחג הפסח מתכנסים בפסגה כל בני העדה משכם ומחולון. זבח הפסח נערך בשדה פתוח מוקף גדר, ובמרכזו בור מוארך המשמש מזבח ושני בורות עמוקים המשמשים תנורים.
