אלו הם בעלי החיים הזעירים שאינם מייצרים בעצמם חומר אורגני אלא ניזונים מחומר אורגני קיים.

חלקם טורפים פיטופלנקטון חי וחלקם אוכלים את שאריות החומר האורגני לאחר התפרקותם או מותם של בעלי החיים האחרים. בכינרת מצויים מינים רבים של זואופלנקטון, והם משתייכים לשלוש קבוצות עיקריות (גופן וגל, 1992): דפנאים (58% מהביומסה הזואופלנקטונית), שטרגלאים (35%) וגלגיליות (7%), נוסף עליהם חיים באגם מעט סרטנים, תולעים, רכיכות וחרקים שונים.

מסת הזואופלנקטון נעה בין 20 ל - 40 גר' למ"ר, בהתאם לעונת השנה. בהשוואה לפיטופלנקטון, מסתם קטנה פי 10 בזמן הפריחה הקיצית, אך דומה לזו של הפיטופלנקטון בחורף. משך החיים של יצורים זואופלנקטוניים הוא שבועות ספורים.