אלו הם הצמחים הזעירים (האצות) והחיידקים המבצעים את תהליך ההטמעה ומרחפים במים.

סוגים רבים ומגוונים של פיטופלנקטון קיימים בטבע, והם שונים זה מזה בגודלם, בצבעם, בצורתם, במבנה הדופן שלהם, בדרך התרבותם, ביכולת תנועתם ובתהליכים הביוכימיים המתרחשים בתוכם (גופן וגל, 1992). למשל, יש מינים חד-תאיים ויש מינים רב-תאיים, מקצתם בעלי שוטונים המאפשרים להם לנוע ומקצתם מסוגלים לייצר בועיות גז המסייעות להם לעלות או לרדת בעמודת המים, מקצתם עשויים תאים רכים ומקצתם בעלי קליפה קשה המגנה עליהם. בהתאם לתכונות אלו נחלק הפיטופלנקטון לכמה חטיבות: אצות ירוקיות, אצות זהוביות, אצות כחוליות, אצות להוביות ואצות עינניות.

בכינרת הוגדרו יותר מ - 250 מינים של אצות (פולינגר, 1978 ). האצות הנפוצות ביותר בכינרת הם מקבוצת הלהוביות, ועמם נמנה הפירידיניום, שהוא המין הדומיננטי ביותר באגם. בתקופת החורף בזמן שהכינרת מעורבלת, כמות הפיטופלנקטון זעומה ביותר. באביב חלה פריחה והביומסה גדלה במהירות רבה. כשהאגם נעשה משוכב ומתפתחים בהיפולימניון תנאי חוסר חמצן, הביומסה מתרכזת באפילימניון. הפירידיניום נעלם בקיץ, ואז הירוקיות והכחוליות נעשות דומיננטיות, אם כי המסה הכוללת נמוכה בהרבה. המחזוריות העונתית בכמות הביומסה של הפיטופלנקטון ובהרכבה מוכרים בכינרת מאז 1970 (1995 Berman et al).